Die AlphaDekade wird von Bund und Ländern gemeinsam verantwortet. Innerhalb der Bundesregierung liegt die Federführung beim Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF), das mit weiteren fachlich einzubeziehenden Bundesressorts zusammenarbeitet. Die Länderbeteiligung wird über den „Arbeitskreis Weiterbildung“ der Kultusministerkonferenz (KMK) organisiert.
Darüber hinaus wirken insgesamt 17 Dekadepartner bei der Umsetzung der Dekadeziele aktiv mit und haben sich verpflichtet, für die gemeinsamen Ziele innerhalb ihrer jeweiligen Organisationen sowie in der Öffentlichkeit zu werben. Darüber hinaus setzen sie Projekte um, die das BMBF im Rahmen der AlphaDekade fördert. Dies trägt in besonderer Weise dazu bei, neue Konzepte zur Unterstützung gering literalisierter Erwachsener in die Breite zu tragen.
Bei der Ausgestaltung der Nationalen Dekade arbeitet das Bündnis im Kuratorium und einer jährlichen Dekadetagung eng zusammen.
Der Wissenschaftliche Beirat trägt mit seiner Expertise zur Gestaltung der AlphaDekade bei und berät die Gremien insbesondere hinsichtlich der Themen- und Schwerpunktsetzung.
Die vom BMBF eingerichtete Koordinierungsstelle AlphaDekade ist im Bundesinstitut für Berufsbildung (BIBB) angesiedelt und fungiert als Geschäftsstelle der Initiative. Ihre Aufgabe ist es, für ein synergetisches und abgestimmtes Vorgehen von Bund, Ländern und den weiteren Partnern zu sorgen.